L’età romana è documentata in tutti i suoi aspetti, sia pubblici che privati. All’epoca di Vespasiano Brescia fu dotata di un centro monumentale che attorno al foro organizzava Capitolium, basilica e teatro. Plastici, stazioni informatiche e reperti archeologici monumentali consentono ipotesi ricostruttive degli edifici che dovevano contenere i grandi bronzi del museo, fra cui si segnalano la Vittoria Alata e i ritratti dorati di imperatori romani. Accanto ai monumenti pubblici sono presentate le domus private con il loro corredo di affreschi, mosaici, fra cui spiccano quelli provenienti dalla ricca residenza di San Rocchino, e suppellettili di vita quotidiana. Rendono unica la sezione i resti della casa rinvenuta nell’Ortaglia del monastero di cui è in corso il restauro per il suo inserimento nel percorso museale.

L’epoca medievale si apre con le testimonianze legate al periodo comunale, costituite soprattutto da reperti che provengono da edifici scomparsi. Si segnalano gli affreschi dal Broletto, il marmoreo San Faustino a cavallo da Porta Pile, la statua - fontana di Berardo Maggi dal convento di San Barnaba. La visita prosegue nella chiesa di San Salvatore e nell’antico refettorio quattrocentesco, vasto ambiente diviso in due navate da poderose colonne, ove sono presentati materiali provenienti da monumenti della città che ci accompagnano dallo stile tardo gotico al pieno Rinascimento. Il percorso museale continua al piano superiore ove si trovano le due sezioni dedicate alle arti applicate, qui opportunamente raggruppate secondo modelli abitativi o gusti collezionistici. Significativa è la ricomposizione dello splendido ciclo di affreschi realizzati dal giovane Moretto per la dimora del Vescovo Mattia Ugoni.

Fulcro della sezione successiva è l’edificio di Santa Maria in Solario, ove sono esposti i capolavori provenienti dal tesoro del monastero: la Lipsanoteca in avorio e la croce lignea di Desiderio rivestita di metalli preziosi e rarissimi cammei.